Słowenia to w większości kraj wyżynny i górski: 90% jej powierzchni leży ponad 300 m n.p.m. Najwyższy szczyt to położony w Alpach Julijskich Triglav (2864 m); znajduje się on na terenie parku narodowego o tej samej nazwie. Prawie połowę kraju zajmują lasy, sprawiając, że Słowenia to jedno z najbardziej zielonych państw na świecie. Ziemie uprawne stanowią 43% ogółu powierzchni.
Najdłuższe rzeki to Sawa i Drawa wpadające do Dunaju, Socza na zachodzie, Mura na północnym wschodzie, Krka na południowym wschodzie oraz Kupa, stanowiąca na pewnym odcinku granicę z Chorwacją. Największe jeziora to: okresowe Jezioro Cerknickie oraz górskie Bohinjsko i Bled.
Na terenie Słowenii, zwłaszcza w położonej w jej południowo-zachodniej części, Krasie, licznie występują zjawiska krasowe: podziemne rzeki, jaskinie (około 7000), z których najsłynniejsza jest znajdująca się w miejscowości Postojna Postojnska jama. Mniej znane są Jaskinie Szkocjańskie. Inna jaskinia, Vilenica, co roku gości uczestników środkowoeuropejskiego festiwalu literackiego.
